Líneas de Investigación

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  • Obtención de un genoma de referencia para ‘Malbec’

La generación del ensamblado “de novo” del genoma de referencia diploide del cultivar ‘Malbec’ es fundamental para comprender sus atributos varietales y realizar eficientes estudios de edición génica, RNA-seq y DNA-seq.

Utilizamos lecturas cortas con la tecnología Illumina y lecturas largas con la tecnología PacBio. La información genómica se obtuvo de un clon de Malbec y de sus cultivares parentales: Prunelard y Magdeleine Noire des Charentes, con la cual se realiza el análisis bioinformático para el ensamblaje de novo. El propósito de obtener datos genómicos de los cultivares parentales se relaciona con la metodología que se escogió para el ensamblado. Para este propósito, decidimos ensamblar los dos complementos haploides del genoma diploide de Malbec por separado. Esta es una aproximación novedosa y sobre todo muy útil para resolver la complejidad que implica ensamblar un genoma altamente heterocigota como es el de la vid. Luego de realizar la secuenciación y ensamblado del genoma, todavía es necesario realizar la anotación genómica, para lo cual se requieren datos transcriptómicos obtenido de diferentes tejidos y condiciones.

  • Viticultura de Nueva Generación

El objetivo general de esta línea es estudiar los mecanismos de adaptación de la vid a las condiciones de cambio climático mediante la implementación de una tecnología ‘limpia’ de edición génica CRISPR-Cas9 para vid (Vitis vinifera L), con el propósito de inactivar genes involucrados en la degradación de antocianinas en la piel de las uvas causada por altas temperaturas. Utilizamos metodologías ‘clásicas’ como la combianción de transformación de embriones somáticos mediada por Agrobacterium tumefaciens con otras mas novedosas, como la combinación de la inducción de meristemas de novo mediante reguladores del esarrollo y el uso de nanopartículas de tipo ‘carbon dots’ para transferir los vectores de transformación.

  • Análisis de la variabilidad genética y fenotípica para los componentes del rendimiento en la variedad Malbec mediante herramientas genómicas

El estudio de la diversidad genética existente en la variedad Malbec para identificar genotipos que presenten características contrastantes respecto de su rendimiento, y particularmente para los componentes principales que lo determinan es una de prioridades de nuestro grupo. El análisis comparativo exhaustivo de estos clones mediante herramientas genómicas y transcriptómicas permitirá contribuir a la caracterización de las bases genéticas y moleculares del rendimiento y sus componentes.

  • Desarrollo y explotación de la variabilidad genética de los cultivares Tempranillo y Malbec, para su adaptación a las condiciones de cambio climático (IBEROGEN)

Esta línea propone determinar la base genética y molecular de la variación somática que se genera en plantas de vid de la variedad Malbec y Tempranillo con características de producción más convenientes para obtener un vino de calidad en condiciones de cambio climático. Concretamente tratamos de identificar y explicar variaciones que resulten en mayor intensidad de color de las bayas, mayor acidez, menor grado alcohólico probable y ciclos de maduración más largos. La identificación de los genes y variantes génicas que provocan estos cambios en distintas variedades puede permitir desarrollar nuevos procesos de selección y de generación de estas variantes independientemente del genotipo varietal. Además, la información molecular permite el seguimiento e identificación de los clones mediante marcadores moleculares lo que proporciona métodos de asegurar la protección y calidad de los clones seleccionados.