Epigenética y evolución en plantas 2021

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Equipo docente:

Dra. Verónica Noé Ibáñez1 (responsable)
Dr. Carlos Marfil1
Dr. Ricardo Masuelli1
Dr. Nicolás Cara1
Dr. Alejandro Edera2
Dr. Sebastián Asurmendi3
Dr. Diego Zavallo3

1.Instituto de Biología Agrícola de Mendoza, 2. sinc(i), Instituto de Investigación en Señales, Sistema e Inteligencia Computacional; 3. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular

Carga horaria: 45 horas

Programa:

Clases expositivas. Los profesores expondrán una clase introductoria para cada uno de losmódulos.

Módulo 1: Historia y definición. La epigenética como disciplina científica Docentes: Carlos Marfil, Ricardo Masuelli

Módulo 2: Principales mecanismos y aproximaciones experimentales Docentes: Sebastián Asurmendi, Diego Zavallo, Nicolás Cara, Verónica Ibañez a- Metilación del ADN. b- Modificación postraduccional de histonas. c- Biogénesis y función de pequeños RNAs. d- Técnicas moleculares para el estudio de los mecanismos epigenéticos en plantas

Módulo 3: Epigenética y desarrollo Docentes: Ricardo Masuelli, Carlos Marfil a- Imprinting en vegetales. b- Desarrollo en vegetales: vernalización y paramutación.

Módulo 4: Fenómenos que inducen variabilidad epigenética Docentes: Sebastián Asurmendi, Diego Zavallo, Nicolás Cara, Verónica Ibañez, Carlos Marfila- Modulación de mecanismos epigenéticos por el ambiente. b- Modulación de mecanismos epigenéticos biótico (infecciones virales) c- Estrés genómico/Remodelación del genoma

Módulo 5: Epigenética y evolución Docentes: Ricardo Masuelli, Carlos Marfil, Nicolás Cara, Verónica Ibañez a- Epialelos naturales. b- Hibridización interespecífica y poliploidía. c- Distribución de la variabilidad epigenética en poblaciones naturales vegetales. d- Mejoramiento epigenético. Clases prácticas: cada alumno realizará en sus computadoras personales análisis de datos obtenidos utilizando algunas de las técnicas presentadas. Docentes: Nicolás Cara, Verónica Ibañez, Diego Zavallo, Alejandro Edera

TP1- Marcadores MSAP (Methylation Sensitive Amplified Polymorphism) en híbridos: en RStudio se utilizarán dos scripts para: 1- Obtener una matriz de patrones de metilación (epialelos) partiendo de la salida de un analizador de fragmentos. 2- Determinar para cada híbrido los epialelos provenientes de cada parental y los novedosos.

TP2- Técnicas de Next Generation Sequencing (NGS): a partir de datos obtenidos utilizando epi Genotyping By Sequencing (epiGBS) y Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) se trabajará con línea de comando y en Rstudio. El análisis se dividirá en dos etapas: 1-remoción de adaptadores, filtrado por calidad, mapeo en genomas de referencias (RRBS, utilizando Bismark y scripts personalizados), construcción del genoma de referencia (epiGBS, epiGBS pipeline); y 2- detección de citocinas y regiones diferencialmente metiladas (DMC y DMR, respectivamente)

TP3- small RNA: a partir de datos obtenidos utilizando NGS, el análisis se dividirá en do setapas: 1- remoción de adaptadores, filtrado por calidad, mapeo en genomas de referencias, asociación de sRNA regiones genómicas (ShortStack); y 2- detección de regiones con acumulación diferencial de sRNA (edgeR package in R)

TP4- Exposición de artículos científicos: se dispondrá de una carpeta con papers específicos para cada uno de los módulos que se repartirán entre los estudiantes (comisiones de dos o tres estudiantes). Cada comisión hará una presentación oral del paper que se le entregó.

Arancel (para alumnos/as argentinos):

Hasta el 21/10: $6.000
A partir del 22/10 y hasta el 28/10: $7.000 (no se aceptarán pagos fuera de término)

Arancel (para alumnos/as extranjeros):
Hasta el 21/10: USS 120
A partir del 22/10 y hasta el 28/10: USS 150 (no se aceptarán pagos fuera de término)