El IHEM fue creado en 1957 dentro de la Facultad de Ciencias Médicas, Universidad Nacional de Cuyo para desarrollar tareas de investigación científica y formación de investigadores, bajo la dirección de su fundador, el Dr. Mario H. Burgos. Por un convenio firmado en 1983 entre el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) y la Universidad Nacional de Cuyo (U.N.Cuyo) se reglamentó su constitución y funcionamiento.

El primer microscopio electrónico (RCA) -pionero en la región- fue adquirido en 1958 por la U.N.Cuyo. Posteriormente se incorporaron cuatro microscopios electrónicos de transmisión y uno de barrido con apoyo de distintas instituciones. Generosos subsidios tanto nacionales como internacionales, permitieron adquirir otros equipos para microscopía óptica de avanzada y desarrollar diversas técnicas complementarias en el área de la Biología Celular.

Este equipamiento facilitó la capacitación de investigadores, becarios y pasantes que han nutrido y siguen nutriendo esta Institución. Como resultado de todo ello, profesionales e investigadores que se formaron en el Instituto son actualmente referentes dentro y fuera del país.

Actualmente el IHEM es una Unidad Ejecutora de doble dependencia (CONICET-U.N.Cuyo) dentro del Centro Científico Tecnológico Mendoza (CCT-Mendoza).

En diciembre del 2007 se cumplieron 50 años de vida del IHEM. En esa oportunidad se firmó un convenio entre la U.N.Cuyo y CONICET para la construcción de un nuevo edificio que albergará la totalidad del IHEM. 

En mayo del 2012 se inició la construcción de este edificio a través del CCT-CONICET Mendoza, en el marco del Plan Federal de Infraestructura del Ministerio de Ciencia Tecnología e Innovación Productiva MINCYT, en un predio de la U.N.Cuyo próximo a la Facultad de Ciencias Médicas.

En diciembre de 2013 se finalizó la primera etapa de la construcción del edificio y se habilitaron las cocheras, planta baja y primer piso, con áreas para microscopía óptica y electrónica, bioterios, área de bioseguridad II y III y lugar de mesada y escritorios para 70 becarios, personal de apoyo e investigadores.

En marzo del 2014 se inició la mudanza parcial del IHEM al nuevo edificio y en agosto del corriente año se realizó la inauguración oficial con la presencia de las máximas autoridades del MINCYT, CONICET y U.N. de Cuyo y de la presidenta de la Nación a través de video conferencia.